পাঠ্যক্রমের মূলনীতি ঃ 
আল্লাহ তাআ'লাই হইতেছেন সকল জ্ঞানের উত্‍স, তিনিই হচ্ছেন 
একমাত্র সর্বস্রষ্ঠা৷ তিনি মানব জাতিকে আশরাফুল মাখলুকাত হিসাবে সৃষ্টি করিয়াছেন৷মানুষের কাজ হইতেছে প্রথমত বিশুদ্ধ ঈমান লইয়া মহানবীর আদর্শমতে এবং নির্ভেজাল অন্তরে আল্লাহর ইবাদত করা৷ মানুষের সকল কাজকর্মের একমাত্র উদ্দেশ্য হইতেছে আল্লাহর সন্তুষ্টি অর্জন৷ কুরআন-সুন্নাহ হইতেছে আল্লাহ প্রদত্ত জ্ঞান ভান্ডার৷ 
এতদউভয় গবেষণার ফলে জ্ঞানগত শাখা-প্রশাখা গুলোকে 
শিক্ষাথর্ীদের জন্য প্রধানত তিন ভাগে বিভক্ত করা যাইতে পারে৷ 
যথা ঃ (১) ধর্ম বিজ্ঞান 
(২) মানব বিজ্ঞান ও 
(৩) প্রকৃতি বিজ্ঞান৷ 
এই শাখা গুলোর সবই ধর্ম বিজ্ঞানের মাধ্যমে জ্ঞানের প্রকৃত উত্‍স আল্লাহ পাকের সাথে সম্পর্কিত৷ যথাক্রমে সংজ্ঞায়িত৷ 
(১) মানুষ সৃষ্টজীব৷ তাই সৃষ্টিকর্তা আল্লাহ পাকের সাথে তার যে সম্পর্ক 
রয়েছে তা ধর্মবিজ্ঞানের মাধ্যমে জানিতে হইবে৷ 
(২) মানুষ স্বভাবগত ভাবে সামাজিক৷ একাকী বসবাস করিতে পারেনা, 
সুতরাং তার সাথে অন্য মানুষের সম্পর্ক কি হইবে, কিভাবে হইবে, তা মানব বিজ্ঞানের মাধ্যমে জানিতে হইবে৷ 
(৩) যেহেতু মানুষ অন্যান্য সৃষ্টকে ব্যবহার করে তাই সে সম্পর্কে তহাকে 
প্রকৃতি বিজ্ঞানের মাধ্যমে জানিতে হইবে৷ এমনভাবে তাহাকে মানব বিজ্ঞান ও প্রকৃতি বিজ্ঞান জানিতে হইবে, যাহাতে সে সব কিছুতেই সৃষ্টিকর্তার কুদরত ও দয়ার প্রমাণ খুজিয়া পায়৷ অর্থ্যাত্‍ ধর্ম বিজ্ঞানই হবে মানব বিজ্ঞান ও প্রকৃতি বিজ্ঞানের মাপকাঠি৷ 
সুতরাং কুরআন-সুন্নাহের জ্ঞানে যারা উন্নত জ্ঞানী হইবেন, তাদেরকে জ্ঞানের অন্যান্য শাখা সম্পর্কেও ধারণা থাকা প্রয়োজন৷ এ প্রয়োজনীয়তাকে সামনে রাখিয়া জামেয়া খাতামুন্নাবিয়্যীন-এর পাঠ্যক্রম প্রস্তুত করা হইবে৷ 
৬৷ পাঠ্যক্রম নিরূপন ও নির্ধারণ ঃ 
আল্ আয্হার ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় মিসর, ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় 
দারুল উলুম দেওবন্দ, ভারত৷ জাতীয় শিক্ষা বোর্ড বাংলাদেশ৷ কাওমী মাদরাসা শিক্ষাবোর্ড৷ সরকারী মাদরাসা শিক্ষা বোর্ড বাংলাদেশ৷ ইংরেজীর ক্ষেত্রে ইংল্যান্ড, ইত্যাদি৷ দারুল ইহসান বিশ্ববিদ্যালয় বাংলাদেশ এবং জামেয়া কর্তৃক রচিত বই-এর সমন্বয়ে, জামেয়া খামুন্নাবিয়ীন-এর শিক্ষা নীতির অধীনে, জামেয়া খাতামুন্নাবিয়্যীন-এর শিক্ষা পরিষদ কর্তৃক অনুমোদন সাপেক্ষে পাঠ্যক্রম নিরূপন ও নির্ধারণ করা হইবে৷ 
৭৷ তারবিয়্যাত ঃ-(আমল, আখলাক ও নৈতিক চরিত্র গঠন) 
তারবিয়্যত, তাযকিয়া, নৈতিক চরিত্র গঠন ও আত্নশুদ্ধির কথা পবিত্র 
কুরআন সুন্নায় অত্যন্ত স্পষ্টভাবে বর্ণিত হইয়াছে৷ তাযকিয়ায়ে নাফ্স তথা আত্মশুদ্ধি প্রতিটি মানুষের জন্য ফরয৷ এরই মাধ্যমে বান্দাহ আল্লাহর নৈকট্য লাভে ধন্য হয়৷ সুতরাং আমল-আখলাক ও তাযকিয়ায়ে নাফ্স বিহীন ইলম অর্জন অর্থহীন৷ এই প্রতিষ্ঠানের সকল ছাত্রদের কে নির্ধারিত সিলেবাস ও নির্ধারিত পদ্ধতির মাধ্যমে এ বিষয়ে অবগত করার যথাযথ ব্যবস্থা গ্রহণ করা হইবে৷ যাতে করিয়া প্রতিটি ছাত্রের ইলমের সাথে তাহার আমলের মিল থাকে এবং যোগ্য মুবালি্লগ হিসাবে নিজেকে গঠন করিতে সক্ষম হয়৷ 

৮। দাওয়াত ও তাবলীগ 
হযরত আদম আলাইহিস্ সালাম থেকে শুরু করিয়া সর্বশ্রেষ্ঠ ও সর্বশেষ নবী হযরত মুহাম্মদ সাল্লাল্লাহু আলাইহিস সালাম, পর্যন্ত সকল নবী-রাসূলগণের মৌলিক দায়িত্ব ছিল দাওয়াত ও তাবলীগ৷ সুতরাং এই উম্মতের আলেমগণ যারা নবীর ওয়ারিশ হইবেন, তাহাদের মৌলিক দায়িত্ব হবে পূর্ণ দাওয়াত ও তাবলীগ৷ সঙ্গত কারণেই ছাত্রদের দাওয়াত ও তাবলীগের পদ্ধতিগত জ্ঞান ছাত্র অবস্থায় তাহাদেরকে দিতে হইবে৷ সুতরাং ছাত্রদের জন্য এই বিষয়ে যুগোপোযোগী ও বাস্তব কর্মসূচী গ্রহণ করা হইবে৷